A Boeing Brasil Commercial deverá assumir a totalidade da planta industrial de São José dos Campos, atual sede da Embraer e responsável pela produção dos E-Jets e da família Legacy e Praetor.
A expectativa é que a montagem final dos Legacy 450/500 e Praetor 500/600, seja transferida para a unidade de Gavião Peixoto, onde já são produzidos os Super Tucano e o KC-390, além de em breve incluir a montagem dos futuros caças Gripen E/F. Enquanto a montagem das estruturas permanecem em Botucatu.
Outra parte da produção da aeronaves de negócio da Embraer continuará realizada em Melbourne, na Florida, que é a principal unidade fabril da Embraer nos Estados Unidos.
Todavia, ainda não foi decidido o futuro da engenharia, por ora, compartilhada por todas as áreas da Embraer. Dependendo do andamento da joint venture, parte dos ensaios dos futuros aviões da Boeing Brasil Commercial poderão ser realizados nas instalações da Embraer, como é feito até hoje.